Con esta aplicación se pueden hacer muchas cosas con imágenes (www.cartografia.cl/download/manuales/ermapper6.pdf), aunque yo no la he trasteado.

De todas formas el clip to Raster te debería ir bien, y además se genera otro raster. Me comenta un compañero que todas las capas (vectoriales o raster) deben estar bien georeferenciadas y deben tener asignado el mismo sistema de coordenadas.

Prueba y ya me cuentas. Un saludo