Hola Marín. Creo que tienes varias de hacerlo. Una de ellas es con la extensión ER MAPPER. Otra opción es realizar con arctoolbox un clip to raster. Y la que yo haría si lo que no quieres es que se vean los bordes es una ”ñapa”, que es rellenar con varios poligónos (gráficos) lo que quieras tapar.

Bueno, espero haberte ayudado.

Un Saludo